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由于食品冷冻物流是以保证易腐食品品质为目的，以保持低温环境为核心要求的供应链系统，是一个庞大的系统工程。由于易腐食品的时效性要求冷冻物流各环节具有更高的组织协调性，所以，有效控制运作成本与食品冷冻物流的发展密切相关。
食品冷链产业蕴藏着很好的投资机遇，但同时也看到当下中国食品冷冻物流产业发展存在几个制约因素：
首先，设施设备不足。造成这种窘境的直接原因是目前中国冷冻物流设施和冷链装备严重不足，原有设施设备陈旧，无法为易腐食品流通系统地提供低温保障。
其次，技术标准缺位。由于食品冷冻物流是以保证易腐食品品质为目的，以保持低温环境为核心要求的供应链系统，而目前中国的冷冻物流系统还只是一个早期的冷冻设备市场，掌握的冷链技术在很多食品种类上还不能完全应用，相对于国际先进水平差距很大。同时，中国冷冻物流的实施没有国家或行业的专项标准，只有一些大型食品生产加工企业自己制定了一些标准，因此在监管上也是空白。
第三，产业配套不全。易腐食品的时效性要求冷冻物流各环节必须具有更高的组织协调性。然而，中国冷链产业的整体发展规划欠缺影响了食品冷冻物流的资源整合，供应链上下游之间缺乏配套协调。
第四、正规的提供第三方冷冻物流的物流公司规模大的不多，更多的是游击队围攻正规部队，无利润来进行投资和扩大规模。在“量”就是王的冷冻物流运作中，如果没有足够的量，便会制止更多的潜在客户使用正规的服务。
第五、企业比较注重单价成本，而没有考虑如何通过使用合格和优质的物流服务商来减少货物的损失等，因为在冷冻物流中的消耗是可观的。
